Bioinformaticien(ne) en études, recherche et développement
Emploi
Gif-sur-Yvette, 91, Essonne, Île-de-France
Missions La personne recrutée assurera le déploiement opérationnel et le transfert de compétences autour des méthodes de segmentation automatisée de données de microscopie électronique volumétrique (FIB-SEM) à l'échelle de l'institut. À partir des outils et pipelines validés lors d'un stage de master préalable, l'agent rendra ces méthodes accessibles et utilisables en autonomie par les équipes scientifiques et les plateformes techniques de l'I2BC, en s'appuyant sur la bibliothèque BiaPy comme cadre de référence pour le deep learning appliqué à l'analyse d'images biologiques. Activités - Finaliser l'intégration et la maintenance de BiaPy sur le cluster HPC de l'institut et les stations de travail GPU, via des environnements conteneurisés (Apptainer/Singularity), en garantissant reproductibilité et portabilité des workflows - Mettre en place des pipelines d'analyse standardisés couvrant l'import des données FIB-SEM, la segmentation automatisée et l'export des résultats en formats ouverts (OME-Zarr/OME-NGFF), et en assurer l'évolution selon les besoins des utilisateurs - Concevoir et animer des formations pratiques à destination du personnel de la plateforme de microscopie[...]
